Advance Search

DOCKING MOLEKULER SENYAWA 5,5’-DIBROMOMETILSESAMIN

DOI: https://doi.org/10.20956/mff.v21i3.6857
Article History

Submited : June 27, 2019
Published : December 29, 2017

Docking molekuler merupakan simulasi secara komputasi yang digunakan untuk memprediksi ikatan antara obat/ligan dan reseptor/protein dengan memasangkan suatu molekul kecil (ligan) pada sisi aktif dari reseptor, yang sampai saat ini banyak digunakan dalam proses penemuan dan pengembangan obat baru dengan aktivitas yang lebih baik. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan docking molekul dan pemodelan struktur senyawa 5,5’-dibromometilsesamin yang diduga memiliki afinitas terhadap reseptor SMO. Pada penelitian ini, terlebih dahulu dilakukan pemodelan senyawa 5,5’-dibromometilsesamin dan dilakukan optimasi geometri senyawa 5,5’-dibromometilsesamin. Proses docking yang dilakukan melalui tahap preparasi ligan, preparasi reseptor dan simulasi docking. Proses preparasi ligan dilakukan dengan protonasi senyawa 5,5’-dibromometilsesamin. Proses preparasi reseptor dilakukan dengan menghapus molekul air pada reseptor kemudian dilakukan protonasi reseptor. Proses simulasi docking dilakukan setelah proses preparasi ligan dan reseptor telah selesai.  Hasil penelitian menunjukkan bahwa molekul 5,5’-dibromometilsesamin memiliki afinitas pada reseptor SMO (kode pdb 4O9R) dengan Docking score yaitu -7.8500 dan residu asam amino yang terikat yaitu Glu518.

References

  1. Abidi, A., (2014), Hedgehog signaling pathway: A Novel Target for Cancer Therapy: Vismodegib, A Promising Therapeutic Option in Treatment of Basal Cell Carcinomas. IJP, 46: 3-12.
  2. Ferreira L.G. et al. (2015). Molecular Docking and Structure-Based Drug Design Strategies. Molecules, 20: 13384-13421.
  3. Husain F., Rifai Y., & Tahir D. (2014). Penentuan Bobot molekul dan Karakterisasi Kristalografi Senyawa Derivat Sesamin sebagai Kandidat Antikanker Penghambat Glioma (GLI). Fakulas Farmasi. Universitas Hasanuddin, Makasar: 1-6.
  4. Kitchen D.B. et al. (2004). Docking and Scoring in Virtual Screening for Drug Discovery: Methods and Applications. Nat.Rev.Drug.Disc., 3: 935-949.
  5. Mohan V. et al. (2005). Docking: Successes and Challenges. Current Pharmaceutical Design, 11(3): 323-333.
  6. Mukesh B. & Rakesh K. (2011). Molecular Docking: A Review. IJRAP, 2(6): 1746-1751.
  7. Pranowo H.D. & Hetadi A.K.R. (2011). Pengantar Kimia Komputasi. Penerbit Lubuk Agung, Bandung: 1-118.
  8. Pranowo H.D. (2009). Teknologi Informasi dalam Mendukung Riset di Bidang Kimia. Prosiding Seminar Nasional Kimia dan Pendidikan Kimia: 10-24.
  9. Reddy A.S. et al. (2007). Virtual Screening in Drug Discovery – A Computational Perspective. Current Protein and Peptide Science, 8(4): 329-351.
  10. Young D.C., Wiley J., & Sons. (2011). Computational drug design – A Guide for Computational and Medicinal Chemists; a book review. J Pharm Pharmaceut Sci, 14(2): 215-216.
Pratama, A. A., Rifai, Y., & Marzuki, A. (2017). DOCKING MOLEKULER SENYAWA 5,5’-DIBROMOMETILSESAMIN. Majalah Farmasi Dan Farmakologi, 21(3), 67-69. https://doi.org/10.20956/mff.v21i3.6857

Downloads

Download data is not yet available.
Fulltext
PDF